Científicos del Conicet y de la Universidad Católica de Córdoba desarrollaron una herramienta que cuantifica la cantidad de glóbulos blancos que responden a los tumores.
Los investigadores locales elaboraron una herramienta bioinformática llamada MIXTURE, que puede medir y contabilizar de manera muy precisa el número y el tipo de glóbulos blancos que se infiltran en tumores. Esta tecnología ayudará a explicar por qué, en algunos pacientes, fallan las inmunoterapias y contribuirá al diseño de alternativas terapéuticas efectivas.
El software posee un algoritmo llamado “machine learning”, que está basado en el aprendizaje automático. La inteligencia artificial incorpora conceptos de ciencia de datos para optimizar el análisis de toda la información biológica a nivel molecular. Esto permite comparar la secuenciación genética de la muestra de un tumor con la secuenciación genética de las células del sistema inmune y estimar qué porcentaje de cada una de estas células está presente en el tumor.
Romina Girotti, directora del estudio e investigadora del Instituto de Biología y Medicina Experimental (IBYME), dependiente del CONICET, señaló que “entender la asociación entre la composición de células inmunes que infiltran los tumores y los mecanismos de resistencia a las terapias existentes permitiría buscar alternativas terapéuticas para estos pacientes”.
Elmer Fernández, investigador del Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas (Cidie), detalló que lo que el equipo hizo fue «mejorar algoritmos que ya existían que son alimentados por niveles de expresión de los genes de una muestra tumoral”.
Los investigadores analizaron datos de biopsias tumorales de cáncer de mama (703), pulmón (526), cabeza y cuello (494), melanoma (401) y colorrectal (452) obtenidos del proyecto The Cancer Genome Atlas (TCGA). Ante los excelentes resultados, importantes revistas de divulgación científica, como «Briefings in Bioinformatics», que pertenece a la Universidad de Oxford, difundió sus logros.
Por ejemplo, en el caso de cáncer de mama los investigadores encontraron asociaciones entre el tiempo de sobrevida de pacientes y el infiltrado de diferentes células del sistema inmune en los tumores. Los científicos también establecieron relaciones entre factores genéticos, que varían entre las personas, y el tipo y cantidad de células inmunes infiltradas en los tumores.
Esto permitió determinar de qué manera la asociación entre esas dos variables incidía, a favor o en contra, en la respuesta de los pacientes a las inmunoterapias.
Desarrollan software capaz de medir la respuesta inmune contra cualquier tipo de cáncer https://t.co/w73gFiHBKr@FundacionIbyme @CidieConicet @UCCoficial @CONICETDialoga @conicetcordoba @unc_cordoba pic.twitter.com/Ewu1oQn7z2
— agenciacyta (@agenciacyta) January 7, 2021
En la investigación que fue publicada en la revista Briefings in Bioinformatics, participaron Gabriel Rabinovich, Yamil Mahmoud, Florencia Veigas y Joaquín Merlo, del IBYME y del CONICET; Darío Rocha, de la Universidad Nacional de Córdoba; Hugo Lujan, del CIDIE y del CONICET; Matías Miranda, de la UCC; y Mónica Balzarini, del CONICET.
MIXTURE es de libre acceso a la comunidad científica y se puede aplicar a cualquier tipo de tumor.